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因为支持《史记》关于秦始皇是吕不韦的后代这一观点，在《百家讲坛》讲述《秦始皇生父之谜》的孙立群教授遭到网友和民间学者方舟子的“炮轰”。
这是《百家讲坛》开坛以来，自刘心武遭到红学家批评之后的又一次“危机”。而方舟子不但认为专家的观点偏颇，对于专家的嘲笑行为也给予否定。
从事中国古代史研究的孙立群教授，是南开大学的历史学教授，他认为“吕不韦就是嬴政的生父，在邯郸献姬的过程中，吕不韦按照自己的意愿进行了一步步的政治投机”，并嘲笑嬴政的父亲子楚“傻”。
对于这个史学界一直存在争议的问题，孙教授在《百家讲坛》首次用自己的研究方法印证了《史记》的记载，但是这期节目在播出后却遭受到网友的批评，民间学者方舟子也公开撰文，认为此说牵强肤浅，没有科学依据。
方舟子认为：“从科学的角度看，说吕不韦是秦始皇的生父，问题就出来了。很显然，嬴政是在赵姬嫁给子楚一年以后出生的，后人为了把嬴政说成吕不韦的儿子，才有怀孕12个月这种离奇的传说。古人因为不知道女性的受孕时间，有了‘怀胎十月’这种不准确的说法。如果真的怀胎十月，对胎儿是相当危险的，更不要说怀胎12个月了。在现在，如果过了预产期两周还没有开始生产，医生就要考虑进行引产或剖腹产了。”
同时，方舟子也第一次提出了自己对《史记》的看法：“其实以现代的眼光看，《史记》算不上严谨的史书。”对于这个争论，秦代史专家、《大秦帝国》作者孙皓辉教授认为，秦始皇生父之争没有定论，争论应该还会持续一段时间。